《黄帝内经》在主流社会认为是现存最早中医理论著作，对后世中医学理论的奠定有深远的影响。此书相传是黄帝与岐伯、雷公、伯高、俞跗、少师、鬼臾区、少俞等多位大臣讨论医学的记述，在四库全书中为子部医家类。

《黄帝内经》（简称《内经》）成书约于战国至秦汉时期，在东汉至隋唐时期仍继续修订和补充。《内经》包括《素问》和《灵枢》两部分，共18卷162篇。该书不仅奠定了中医学理论基础，也是中医学理论与实践等方面发展的基石。

西汉汉成帝时，刘向等人曾大规模校理古籍，李柱国则负责校理方伎，原书目先载于刘向《别录》，后载于其子刘歆《七略》，今二书已佚，但其目录内容被东汉班固引录于《汉书》〈艺文志〉中，后世仍可以推见其原貌。《汉书·艺文志·方技略》载有医经、经方、神仙和房中四种中医典籍。其中医经有：《黄帝内经》十八卷，《外经》三十七卷；《扁鹊内经》九卷，《外经》十二卷；《白氏内经》三十八卷，《外经》三十六卷，《旁篇》二十五卷。这是历史上对《黄帝内经》最早的记录，学者认为《黄帝内经》的编著及命名很可能是成自刘向之手。

在南北朝的时候，《黄帝内经》已经因传抄及战乱而散失，分成《素问》及《针经》两种版本，分别流传。最早对内经进行整理的学者，是晋朝的皇甫谧，他根据《素问》、《针经》及《明堂孔穴》，编著成《黄帝三部鍼灸甲乙经》一书。在《甲乙经》序中，他说：“按《七略》、《艺文志》，《黄帝内经》十八卷，今有《针经》九卷，《素问》九卷，二九十八卷，即内经也，亦有所亡失。”

南北朝时出现了第一本为《素问》作校注的书，作者为全元起。全元起校注的《素问》本，北宋时尚存，以后便散失不见了。今从林亿等所校订的《重广补注黄帝内经素问》中，尚可看到全元起编排的卷目次第和少量注文。

唐初杨上善将《灵枢》、《素问》的条文，根据内容重新分类，编次成《黄帝内经太素》三十卷。此书虽然早于王冰，但流传不广，对于后世的影响较小，在宋朝时已经失传。

《隋书·经籍志》中记载有黄帝素问九卷，梁八卷；黄帝鍼经九卷。这个版本应该就是全元起及杨上善所采用的底本，其中有许多重复及错误难解的地方，因此并没有吸引很多医家对它进行深入研究，在王冰本出现之后，就被取代了。

对后世影响最大的内经版本，首推唐代王冰注释的《黄帝内经素问》。王冰深入研究《素问》，对当时通行的版本提出批评[2]并决心进行整理，耗时十二年，在唐朝宝应年间完成出版。王冰以其师的“张公秘本”作为蓝本，补入原本失传的七卷，并参校其它流传版本的《素问》加以整理、注释、编排次序，完成二十四卷的巨著。王冰将原来的内容用黑笔来写，他加上的注释用红笔来写，以区分原文与注释之别。但在后来百年的传抄之下，红字又被写成黑色，何处为王冰注释，又难以区分了。王冰补入第七卷的七篇大论－《天元纪大论》、《五运行大论》、《五常政大论》、《六微旨大论》、《六元正纪大论》、《气交变大论》、《至真要大论》是运气学说的主要依据。

王冰版的素问，后经北宋林亿等重新校著后，称为《重广补注黄帝内经素问》（又称《新校正》本），成为最完整的《素问》善本，也是官方考试的依据。现今流传的《黄帝内经》就是这个版本，金元明清的医。家，注解内经时，也都采用这个版本。

内经“刺法论篇第七十二”和“本病论篇第七十三”两篇，在王冰注释时已经失传。北宋林亿校正《素问》时，曾提及当时有《素问亡篇》的流传，刘温舒《素问入式运气论奥》中附有此两篇原文，署为《素问遗篇》。后世大多认为出自唐宋间人伪托。