传统的以物流职能为核心的物流组织结构的明显缺点是：各部门过于强调单一的、独立的物流基本职能，忽视各个职能间的关系。而不同的物流职能之间存在着严重的目标冲突，具体有运输成本与库存量之间的交替损益、前置时间与运输成本之间的交替损益、安全库存量与库存成本之间的交替损益、客户服务水平与服务成本之间的交替损益等等。[1]传统的物流组织结构常常会因为追求职能目标而看不到全局的整体利益。没有一项职能对最终结果负全部责任，每一职能的成员相互隔离，很少了解其他职能的人干些什么。因为只有高层管理能看到全局，所以它的担当协调的角色。不同职能间利益以及视野的不同会导致职能间不断地发生冲突，各自极力强调自己的重要性。职能型结构的另一个缺点是，他不能对未来的高层经理提供训练的机会。职能经理们看到的只是组织的一个狭窄的局部，及他们的职能所涉及的部分，而对其他职能的接触非常有限。因此，这种结构并不能给管理者带来关于整个组织活动的广阔视野。
正如良好的物流管理理念随时间的推移在不断改变，数十年来，物流活动的组织结构也从强调"物流职能"为核心转变为强调"物流过程为核心。人们将物流组织现在所处的阶段称之为供应链管理，此时物流组织不仅仅包括物流活动的全面一体化，还包括生产过程中的物流活动，也即，供应链管理阶段的物流活动包括发生在原材料采购、生产过程以及到达最终用户手中这一过程的所有活动。[2]供应链中跨组织业务流程是指，跨越组织便捷地延伸到供应商、客户、政府管理部门以及联盟企业等其他组织的业务流程。3跨组织的物流流程不仅包括发生在企业之间的以及企业和其他机构之间的流程，还包括企业和顾客之间的交互。
目前一个明显的趋势是物流组织正努力将他们的运作能力更好的支持以过程为导向的管理，而不受功能集成或分割的影响。Mckinsey 咨询公司的顾问Frank Ostroff 和 Doug Smith 曾描述过以功能管理为核心的垂直层次结构可以转换成以过程为导向的水平组织模式。[2]
在以过程为导向的水平组织结构中，当职务是围绕小组而非个人来进行设计时，结果就形成了工作团队。物流组织中自我管理的工作团队具有更强的纵向一体化，它拥有更大的自主权。给自我管理工作团队确定了要完成的目标以后，他就有权自主决定工作分派、工作作息和质量检验方法等。这些团队甚至常常可以挑选自己的成员，并让成员相互评价工作成绩。
目前第三方物流服务供应商提供的服务大都是以物流项目的形式存在，物流团队可以针对客户综合的、个性化的物流服务要求，按照客户的特点进行物流过程纵向重组，形成综合的、一体化的物流服务项目，从而和客户的整个供应链的运作紧密结合。
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