在宁远战役中，努尔哈赤受重挫，没过多久受重伤，努尔哈赤去世了，袁崇焕特地派使者到沈阳假意去吊丧，其实是为了探听后金的动静。皇太极对袁崇焕窝了一肚子的怨恨，但是因为后金刚打败仗，军队需要休整，再说他趁机也想试探一下明朝的态度，所以，不但接受了袁崇焕的使者，还派使者到宁远去表示感谢。双方表面上缓和下来，背地里却都在加紧准备下一步更加激烈的战斗。

第二年，皇太极亲自率领大军攻打明军。后金军兵分三路南下，先把锦州城团团包围起来。袁崇焕料定皇太极的进攻目标是宁远，决定自己留在宁远率兵防守，派副将带领4000骑兵援救锦州。援兵还没出发，皇太极已经带兵攻打宁远了。袁崇焕亲自出战，到城头上督战下令用大炮猛轰后金军。同时，城外的明军援军也和城里的兵土内外夹击，把后金军赶跑了。

皇太极见攻城失利，就把人马撤到锦州。但是锦州的明军守得非常严实，加上天气转暖，后金军士气消极不振，皇太极只好退兵。

这次袁崇焕又打了一个大胜仗。可是，以魏忠贤为首的阉党却把功劳记在自己名下，反而责怪袁崇焕没有亲自率兵去救锦州。袁崇焕知道魏忠贤有，心为难他，迫于魏忠贤的淫威，他辞去了职务。

1627年，昏庸无能的明熹宗得病死去，他的弟弟朱由检即位，就是明思宗，也叫崇祯帝（崇祯是年号）。

崇祯帝早就了解魏忠贤作恶多端、专横跋扈、民愤太大，他一即位，就宣布了魏忠贤的数条罪状，把魏忠贤充军发配到凤阳。魏忠贤知道自己十恶不赦，肯定活不成，在半路上服毒自杀了。

崇祯帝整治了阉党以后，又给杨涟、左光斗等人平反了冤狱。此时，许多大臣请求把袁崇焕召回朝廷。崇祯帝接受了这个意见，并且提拔袁崇焕为兵部尚书，负责指挥整个河北、辽东的军事。崇祯帝问他有什么计划与打算。袁崇焕说：“只要给我指挥军事的大权，朝廷各部一致配合，我敢说不出5年，可以恢复辽东。”

崇祯听了十分高兴，感到袁崇焕确实有雄才大略，是个难得的将领，于是下令给袁崇焕一口尚方宝剑，准许他全权行事。

袁崇焕重新回到宁远，选拔人才，整顿队伍。当时的东江总兵毛文龙作战不力，却又屡次虚报军功，不服从袁崇焕的指挥。袁崇焕一气之下，使用尚方宝剑，把毛文龙杀了。这件事震惊全军上下没有谁敢违抗他的命令。

皇太极上次打败仗，一直在伺机反击，他知道宁远、锦州防守十分严密，决定改变进兵路线。于1629年10月，率领几十万后金军，从龙井关、大安口（今河北遵化北）绕到河北，直扑明朝京城北京。

这一招大大出乎袁崇焕的意料，给袁崇焕一个措手不及。袁崇焕赶快下令出兵，想在半路上把后金军拦住，可是已经来不及了。后金军长驱直人，一直来到了北京郊外。袁崇焕带着明军刚到北京，没顾上休息，就和后金军展开激烈的战斗。他几路前来增援的明军，也陆续赶到，投入战斗。

后金军大举进攻北京，这消息引起了全城震动。崇祯帝坐卧不宁，不知该怎么办才好，后来听说袁崇焕带兵赶到救驾，心才安定了一些。他亲自召见袁崇焕，慰劳了一番。然而一些魏忠贤的余党此时却散布谣言，说这次后金军绕道进攻北京，是袁崇焕故意引进来的，说不定里面还有什么更大的阴谋。

崇祯帝是个猜疑心极重的人，听了这些谣言，也有些怀疑起来。正在这个时候，有一个被金兵俘虏去的太监从金营设法逃了出来，向崇祯帝密告，说袁崇焕和皇太极二人已经订下密约，袁崇焕要出卖北京。这个消息像晴天霹雳，把崇祯帝吓呆了。

原来，明朝有两个太监被后金军俘虏去以后，被关在金营里。一天晚上，一个姓杨的太监半夜醒来，听见两个看守他们的金兵在外面轻声地谈话。

一个金兵说：“今天咱们临阵退兵，完全是皇上（指皇太极）的意思，你可知道这其中的原因吗？”

另一个说：“什么原因？”

一个又接着说：“刚才我就看到皇上朝着明营的方向急走，明营里也有两个人过来，他们谈了好半天话才回去。听说那两个人就是袁将军派来的，他已经跟皇上有密约，眼看大事就要成功啦……”

姓杨的太监偷听了这番话，趁看守他的金兵不注意，偷偷地逃了出来，跑回皇宫向崇祯帝报告。崇祯帝听了后信以为真。他哪里知道，这恰恰是皇太极预先布置的反问计。

崇祯帝大怒，命令把袁崇焕押进死囚大牢。

有个大臣知道袁崇焕平日忠心为国，绝无他意，觉得这件事情非常蹊跷，于是就劝崇祯帝三思而行，崇祯帝拒绝大臣的良言劝告，一意孤行，第二年，袁崇焕被崇祯帝处死。

皇太极用反间计除掉了对手袁崇焕以后，就退兵回到盛京。从此以后，后金越来越强大。1635年，皇太极把女真改称满洲；1636年，皇太极在盛京称帝，改国号为清，皇太极就是清太宗。