我国中小企业的内部控制意识薄弱主要体现在以下两个方面：一是管理层没有站在公司战略的高度去审视内部控制对于一个企业生存发展起到的重要作用。我国中小企业产权结构简单，公司发展大多建立在管理者对于市场的主观判断上，致使企业在经营中片面注重销售业绩，忽视了管理过程中内部控制产生的价值。二是中小企业风险观念淡薄。我国市场化进程及中小企业的发展历程相对较短，中小企业在经营过程中虽然都设立了各方面的经营目标，但是缺少对与经营目标对应的风险进行评估与应对，也就缺少了从内部控制角度出发对于风险的管理。
首先，中小企业没有建立现代企业制度，缺乏执行有效的内部控制的基础。产权清晰、权责明确的组织结构是企业实行内部控制的组织环境。以“作坊式企业”为例，这一类企业生产规模较小，实施不相容职责相分离原则下的岗位设置基本上无从谈起。例如：企业内部的会计、出纳等内容由一人包办，多项重要管理流程缺乏应有的牵制，很容易滋生各类舞弊行为。另外以“家族企业”为例，企业的经营管理决策基本上实行“一言堂”，主观性、随意性较大，企业的内控即使存在，对象也主要是家族外的工作人员，对于家族内部人员缺乏相应的职责约束。因此内部控制的职能严重弱化，不能正确评价财务部门和各级管理部门绩效，整个公司缺乏健全的制度进行约束。
其次内部控制制度设计缺乏系统性。我国中小企业在实行内部控制过程中，较多的还停留在查错防弊的初级阶段，更有将内部控制片面的理解为预算控制、质量控制等各种管理、业务流程的控制上，没有将内部控制渗透到经营管理的方方面面，缺乏系统性和整体性。并且在制度内容的设计上也大多生搬硬套，缺乏对于自身企业及业务流程的针对性。
相对于内部控制的设计与执行，内部控制的监督与评价更加缺乏实施基础。一方面，在企业内部监督与评价上，由于我国许多中小企业都没有经济实力去组建独立的内部审计部门，企业内控的监督一般都是由管理层或者由财务部负责的，因此管理人员不具备相应的独立性、良好的职业操守望和专业胜任能力；另一方面，在企业的外部审计监督与评价上，虽然国家近年来不断修订相关的企业内控规范，但外部审计事务所对于企业内部控制审计仍然流于表面形式，仅为了应付政府相关部门的检查对财务报表进行审计，因此企业内控的外部监督与评价也难以发挥作用。
在经济不断发展和经营日益复杂化的现代企业中，内控制度是否健全有效，已经成为企业能否提高经营效率和效果，促进企业实现发展战略，保持可持续发展的重要因素之一，因此企业的各级管理层在日常的工作中要积极解放思想、更新观念，尽早的走出内控影响经营效率的思想误区，充分认识运行有效的内部控制给企业带来的巨大价值。基于这种思想观念，在企业实施内部控制上要坚持以下原则：一是全面性与重要性原则的结合。企业的内部控制应当是面向企业经营管理整个过程的全员性控制，在此基础上以风险为导向，关注重要业务与高风险领域，确保内部控制不存在重大缺陷。二是制衡性原则，建立健全现代企业管理制度，从制度上确立岗位职责，保证内部控制的实施环境；三是成本效益原则，以适当的成本发挥内部控制在防止贪腐、减少浪费、提高效率上的巨大优势；四是适用性原则，企业在内部控制的设计、执行、监督等方面，要注重结合企业自身的经营特点，切勿使内部控制流于形式。
面临越发激烈的市场竞争，我国中小企业都存在着较大的经营风险：宏观环境面临政策法规调整、经济总体形势变化、利率汇率波动等较多不确定因素，微观环境面临交易对手信用缺失、筹资困难、经营范围单一、原材料供给等风险。因此，强化风险意识，建立完善的风险评估与应对体系，是企业发展内外部环境共同决定的结果。
我国中小企业的内部控制主要包括企业层面的控制和业务层面的控制两个方面。在企业层面的控制上主要包括组织架构控制、发展战略控制、人力资源控制、社会责任控制、企业文化控制；业务层面控制上主要包括资金活动控制、采购业务控制、销售业务控制、资产管理控制、研究与开发控制、工程项目控制、担保业务控制、业务外包控制、全面预算控制、财务报告控制、信息系统控制等企业各个经营层面的活动。
企业层面的控制应当按照科学、精简、高效、透明、制衡的原则，综合考虑企业性质、发展战略、企业文化等因素，合理设置内部职能机构，明确各机构的职责权限，避免职能交叉、缺失或权责过于集中，形成各司其职、相互制约、相互协调的工作机制。
业务层面的控制主要通过全面预算制度和全面质量管理，对于产品从研发、采购、生产、销售再到售后的整个业务过程中每个环节、每个人员产生的成本与工作质量实施全面的管控，并将成本控制与工作质量和每个岗位人员的薪酬相挂钩，从而建立起人人节约成本，环环严控质量的企业文化氛围。在资产和资金管理上建立不相容职位相互分离制度，对各机构的职能进行科学合理的分解，确定具体岗位名称、职责，明确各岗位的权限和相互关系；建立健全财务管理制度，企业应当分析经营活动、投资活动、筹资活动现金流的运转情况，重点关注现金流能否保证生产经营过程的正常运行，防止现金短缺或闲置，提高资金的使用效率；合理利用计算机和通信技术，对企业生产经营管理业务流程、关键控制点进行集成、转化和提升，实现手工环境下难以实现的控制功能，提高管理效率。
中小企业的内部监督与评价主要通过内部审计部门完成，因此加强企业内控的监督首先就需要设立独立的内部审计部门，充分吸收优秀的审计人员为内部监督体系提供保障。再者就是全面加强内部审计部门的独立性，最理想的情形是内部审计部门直接向治理层汇报工作，从而充分的发挥内部审计在保障内部控制有效运行中的巨大作用。
同时企业还应当建立健全的内部监督规章制度，将监督的权责分解到每一个审计人员的工作岗位中，在充分解读国家规定会计制度基础上，结合企业的自身情况，建立起一套包含核算对象、要素、程序、方法的系统化的核算制度。另外企业要借助外部审计定期对内部控制运行整体有效性实施评价，以保证企业内部控制的有效运行。
随着当代商业环境的经济全球化，我国的企业在面临广阔的发展空间和巨大的商业机会的同时，也面临着更加激烈的竞争环境，中小企业应该结合自身的特点，充分利用内部控制理论建立起一个行之有效的内控体系。
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