唯心主义者的问题是既承认心物不二，万物有灵（心物构成生命，生命包括物质，还包括灵性），却又不知道灵性（物性）是依托物质（体）而显现，而生存的，物质体有赖灵性（物性）来区分来表现。（举例）因为他们（多数自称佛教徒）不知道这一点，不理解这一点，所以先把二者割裂分离开来，使物质体与灵性（物性）各自独立，然后再来一个结合，形成新的生命。这与心物不二，万物有灵之说自相矛盾。心物不二说的就是物质体与灵性（物性）的统一，或者说物质体包含着灵性（物性），灵性（物性）体现着物质体，二者不可分离。这种理解不仅合理、明朗，而且对进行科学研究意义重大。可以说，只要发现了某种物质体，我们就能肯定它具有某种灵性（物性），进而研究它的特性与价值；只要发现了某种灵性（物性）现象，我们也就能确定它是某种物质体的外在表现，进而顺蔓摸瓜，找到它存在的根源，发现那些玄妙的物质体，就像顺着珍珠的光辉寻找珍珠一样。

心物不二，大到人心人体，小到微生物，一切有生命之体，甚至无生命体，都是一个物与性、质与灵的统一。

在解决了上述物与性，质与灵的统一，也即心物不二问题的前提下，对万物有灵也就能够理解了。

因为，现在我们已经知道，按照唯心主义的解释，万物有灵就是万物都有灵魂，多数人把这灵魂理解为像人一样的灵魂，灵魂可脱离物体而存在，既见性不见物。这是一种夸张和幻想的结合，部分合乎现实，部分超脱现实。按照唯物主义(有的自称辩证正唯物主义)说法，万物有灵是唯心的、反动的。这是机械地认为人有灵，物无灵，结果是面对许多灵异现象而束手无策、装聋作哑。

为了搞清这个问题，需要首先澄清灵这个概念的内涵。因为长期以来的争论多数是由于对灵这个概念理解指谓不统一造成的。

灵是什么？灵是心灵，是思维，是意识，是主观世界的主宰，是灵魂。这一点大家的认识是同一的，无需细说。

灵是大脑的功能，是大脑神经物质的功能，这是唯物主义的世界观，是科学的。不过，唯心主义不这样认为。唯心主义认为灵、灵魂是独立于肉体而存在的非物质的东西，是可以游离于肉体之外的可以倒识入胎的阿赖耶识，他们一直没能将大脑与灵相结合。这不仅不科学，也自相矛盾。