目前，全球范围内逐渐形成以美国为首的转基因支持派和以欧洲为首的反对派两大阵营，让它逐渐向国际政治问题转化。

在美国，因为反对者无法提供证据证实转基因作物有害，政府倾向于推广转基因作物。美国已确定的转基因品种达到43种，60%以上的加工食品含有转基因成分，90%以上的大豆，50%以上的玉米、小麦属于转基因产品。美国、加拿大两国的消费者多数已接受转基因食品。

而欧洲则严格限制转基因作物的种植和进口，现在欧洲的生物技术在很多方面都落后于美国。其他很多国家则在这两种立场中摇摆不定，但不少国家都批准了转基因棉花、番茄、甜椒等的商业化生产，但对水稻等主要粮食作物，多数国家仍采取谨慎态度。相关人士称，开展转基因安全性评价研究非常重要，但应该以科学的态度重视和研究，不能把转基因问题视为洪水猛兽避而不谈。

垄断转基因种子技术的跨国公司也让很多国家警惕。原本转基因作物生存能力强，种植容易产量高，既有利于解决饥荒问题，又能切实提高穷国农民的收入技术，因此对发展中国家意义更为重大。然而转基因作物普及率更高的是发达国家。美加两国转基因作物种植面积占全球的8成以上，在号称抵制转基因的欧洲，却有全球6大转基因种子供应商中的4家在此立足。他们的转基因种子不但占据物种优势，而且拥有知识产权，一旦在发展中国家打败当地种子，最终会让当地物种无法生存，使大批农民失业，更会令所在国的农业命脉受制于人。